Í rannsókn Ríkisendurskoðunar segir meðal annars:
„Samkvæmt lýsingu Fiskistofustjóra var nánast allt innra starf sett til hliðar til að halda þjónustu og eftirliti stofnunarinnar í ásættanlegu horfi. Til framtíðar litið telur Fiskistofustjóri að flutningarnir muni hafa neikvæð áhrif á starfsgetu stofnunarinnar næstu þrjú til fjögur ár og að hætta sé á að upplifun notenda af þjónustunni bíði hnekki. Eins er hætta á að samstarf við fagráðuneyti stofnunarinnar og helstu samstarfsaðila á borð við Hafrannsóknarstofnun verði minna en ella.“
Greinilega var misbrestur á framkvæmdinni: „Þess ber að geta að þeir stjórnendur sem hafa haft umsjón með framkvæmd flutninganna hafa einungis að litlu leyti getað stutt sig við formlegar leiðbeiningar stjórnvalda um hvernig sé best að standa að slíkum breytingum.“
